Resposta curta
O Espírito e o Guardião Nagas ganham um novo corpo , seu antigo corpo não se regenera. Cabe ao DM decidir exatamente onde isso ocorre.
Uma resposta mais longa segue ...
Um Espírito rejuvenescido ou Guardião Naga forma um novo corpo
Isso não é explicitado nos blocos de estatísticas de nenhuma criatura, mas é mencionado no texto introdutório para os Nagas em geral (MM233):
Nagas never feel the ravages of time or succumb to sickness. Even if it is struck down, a naga's immortal spirit reforms in a new body in a matter of days.
O texto introdutório do Bone Naga também sugere que re-habitar o mesmo corpo (ou pelo menos o esqueleto) é um desvio do estado normal das coisas:
yuan-ti createad a necromantic ritual that could halt a naga's resurrection by transforming the living naga into a skeletal undead servitor.
Onde o rejuvenescimento acontece
Na descrição do rejuvenescimento de algumas outras criaturas, encontramos uma 'âncora' perto da qual o novo corpo é formado, por exemplo, o coração da Mummy Lord ou a filacteria de Lich - veja as entradas relevantes de MM. Nas descrições de rejuvenescimento dos Nagas, não encontramos tal 'âncora', então a localização exata onde o espírito do Naga toma um novo corpo depende do Mestre. Um Mestre pode decidir que o corpo antigo funciona como essa 'âncora', mas isso não é essencial e certamente não é sugerido pelas regras como escritas. No caso do Guardian Nagas, faz sentido rejuvenescer (respawn) perto dos "lugares e itens de poderes mágicos" (MM 233) que eles estão guardando, embora no caso de objetos móveis que poderiam ser interessantes!