Como Xantec aponta em um comentário sobre a questão, a Seção 31 é supostamente uma ramificação autônoma da Frota Estelar, que deriva sua autoridade da Carta da Frota Estelar:
Sloan: We don't submit reports or ask for approval for specific operations, if that's what you mean. We're an autonomous department.
Bashir: Authorised by whom?
Sloan: Section thirty one was part of the original Starfleet charter.
Star Trek: Deep Space Nine Season 6 Episode 18: "Inquisition"
Eu digo "supostamente" porque a informação vem de Luther Sloan, um personagem que não é confiável na melhor das hipóteses. Sisko confirma mais tarde no episódio que a Seção 31 tem algum tipo de relacionamento com a Frota Estelar, mas não temos certeza do que é:
Sisko: There's no record of a Deputy Director Sloan anywhere in Starfleet. And as for Section thirty one, that's a little more complicated. Starfleet Command doesn't acknowledge its existence, but they don't deny it either. They simply said they'd look into it and get back to me.
Bashir: When?
Sisko: They didn't say.
Star Trek: Deep Space Nine Season 6 Episode 18: "Inquisition"
Essa relação é confirmada em um episódio posterior:
Infelizmente, a Seção 31 está envolvida em tantas camadas de mentiras e mentiras que é difícil saber quem está dizendo a verdade e quando. Sobre tudo o que podemos confirmar é que a Frota Estelar alia-se com eles, pelo menos ocasionalmente, como o almirante Ross faz em "Pernas de Arma Inter de Enim Silent":Sisko: Officially, Starfleet Command has said that they are appalled at the very notion that an organisation like Section Thirty one might exist, and that they plan to get to the bottom of this entire business.
Bashir: And unofficially?
Sisko: They have quietly pushed the investigation aside, which means either they don't take Section Thirty one seriously or someone at Starfleet Command is protecting them.
Star Trek: Deep Space Nine Season 7 Episode 16: "Inter Arma Enim Silent Leges"
Bashir: And how long have you worked for Section Thirty One?
Ross: I don't.
Bashir: Oh. Just a temporary alliance, is it?
Ross: Something like that.
Star Trek: Deep Space Nine Season 7 Episode 16: "Inter Arma Enim Silent Leges"