Depende de onde você está indo em Tóquio.
Geralmente, a menos que você esteja indo para algumas áreas específicas no sudoeste da cidade, onde linhas privadas como keio e odakyu fornecem a maior parte do serviço (embora não tanto para os turistas lá embaixo ...), você pode obter por furar puramente a linhas JR como turista. O metrô e o metrô geralmente servem para preencher as lacunas entre as principais estações JR, servindo principalmente as pessoas que moram e trabalham na cidade.
O transporte no Japão é bem barato. O metrô é geralmente alguns ienes a mais do que linhas JR, mas você ainda está falando menos de 300 ienes em uma jornada no centro de Tóquio. Não é algo para se preocupar.
Se o passe para os dias extras em Tóquio der certo em mais de 1000 por dia, então não vale a pena. É improvável que você esteja levando esses muitos trens em um dia e a conveniência das ferrovias subterrâneas às vezes pode ser boa em dar-lhe uma viagem mais rápida do que aderir à rota JR.
Se funcionar para apenas 500 ou mais por dia, então vale a pena. JR não é de todo inútil em Tóquio - aquelas imagens famosas que você viu de traficantes de metrô em Tóquio? Eles provavelmente não estavam no metrô, a maioria dos vídeos que eu vi eram do JR, da linha de toques da Yamanote.