Uma vez que você tenha seus ingredientes molhados, o temporizador está funcionando. A ação de aumento químico dura apenas um pouco, e você quer tanto quanto possível para acontecer enquanto os muffins estão no forno. Se você esperar por aquela janela, seus muffins não vão subir muito bem, se é que vão, e eu acho que você definitivamente vai se deparar com isso com o congelamento da mistura.
Mesmo que o congelamento da massa pare a reação química (que eu duvido seriamente), você não seria capaz de fazer uso desse fato. Usando um freezer convencional, o processo de resfriamento será bastante gradual. Sua massa ficará em uma temperatura ativa por um bom tempo antes de alcançar a mítica temperatura não reativa - muito mais do que a ação química de aumento durar. E então, quando você descongela a massa, você tem outro longo período em que seu relógio químico está passando, muito antes que você possa colocá-lo no forno.