Não, não há um desconto geral sobre o TER que seria aplicado em várias regiões.
Dito isto, sobre o seu exemplo Lyon-Marselha, os descontos Illico oferecidos pela região Rhône-Alpes explicitamente mencionam que eles são válidos para esse TER em algumas condições. Veja, por exemplo, Illico Annuel :
Conditions parcours interrégionaux :
- Vers Bourgogne, Franche-Comté et Provence-Alpes-Côte d'Azur
- Abonnements vendus en Rhône-Alpes et sur support papier (pas sur carte OùRA!)
- Billets avantages (réductions autres trajets) possibles uniquement sur les trajets en Rhône-Alpes
que se traduz como:
Conditions for interregional routes:
- To Burgundy, Franche-Comte and Provence-Alpes-Côte d'Azur
- Only for paper-based subscriptions sold in Rhône-Alpes (not on the OùRA railcard!)
- "Billets avantages" ([discount on trips not included in the subscription]) possible only on routes in Rhône-Alpes