Não precisa vir com nada complicado aqui, na verdade. Desejo explicitamente diz (ênfase minha):

You might be able to achieve something beyond the scope of the above examples. State your wish to the DM as precisely as possible. The DM has great latitude in ruling what occurs in such an instance, the greater the wish, the greater the likelihood that something goes wrong. This spell might simply fail, the effect you desire might only be partly achieved, or you might suffer some unforeseen consequence as a result of how you worded the wish.

Se os jogadores estão indo longe demais, você pode simplesmente fazer a mágica falhar ou funcionar parcialmente, ou o que quer que seja. É mencionado diretamente no feitiço, que os jogadores poderiam (e deveriam) ler, o que significa que eles sabem que podem esperar que isso aconteça quando tentarem desviar o jogo.

O desejo tem seus limites. Como várias pessoas disseram, isso pode simplesmente falhar. Você pode ir pata de macaco e dar-lhes o oposto do que eles significam ou dar-lhes o que eles querem, entortando-os no meio de um cubo gelatinoso. Você pode ser muito literal com suas palavras de desejo. Eu sinto que as regras escritas são bastante equilibradas com os efeitos negativos.

The stress of casting this spell to produce any effect other than duplicating another spell weakens you. After enduring that stress, each time you cast a spell until you finish a long rest, you take 1d10 necrotic damage per level of that spell. This damage can't be reduced or prevented in any way...Strength drops to 3...for 2d4 days...Finally, there is a 33 percent chance that you are unable to cast wish ever again if you suffer this stress. PHB 5e

Meus sentimentos são que você pode equilibrar isso se livrando dessa regra que nunca mais foi lançada.

Existem algumas coisas importantes para lembrar. D & D não é um jogo de ganhar ou perder. É uma narrativa cooperativa. O trabalho do Mestre é pintar o mundo e dar conflito, os jogadores dão soluções e o Mestre transforma essa solução em mais conflitos.

O que acontece quando o grande mal vai de repente? Existe um vácuo de poder? Seus seguidores acreditavam em seu plano? Os patos e ações que o grupo estava seguindo podem se tornar esporádicos. Os generais podem chamar parentes ampliados e favores pessoais agora que têm uma chance de conseguir o grande assento. Ou talvez, que o malvado nunca foi realmente o grande mal e nada foi afetado.

Você também pode começar a exigir os desejos de seus jogadores para continuar. Você pode colocá-los em uma armadilha mortal inescapável, masmorras impossíveis ou inimigos que precisam ser mortos como os Naga.

Talvez o desejo só possa ser invocado através de um poder superior e isso poderia mudar o favor de quaisquer deuses que estivessem assistindo a festa. Os jogadores podem pensar duas vezes quando o seu desejo faz um diabo conspirador literal feliz o suficiente para se revelar e apertar suas mãos.

Mais fácil é ser honesto com seus jogadores. Peça-lhes que lhe digam sempre antes do jogo se querem tentar um grande desejo. Há muito poucas coisas que você precisa para que eles não pudessem ganhar através do jogo. E você deveria dizer isso a eles. Eles entenderão se você for claro e honesto.

Acredite em suas habilidades e sua campanha, é maior do que uma frase composta poderia desvendar. Eu me sinto tão confiante nas loucuras do desejo de dar aos meus jogadores acesso aos desejos em níveis mais baixos.

A descrição da mágica do desejo já trata disso. Mais relevante:

You might be able to achieve something beyond the scope of the above examples. State your wish to the DM as precisely as possible. The DM has great latitude in ruling what occurs in such an instance, the greater the wish, the greater the likelihood that something goes wrong. This spell might simply fail, the effect you desire might only be partly achieved, or you might suffer some unforeseen consequence as a result of how you worded the wish. For example, wishing that a villain were dead might propel you forward in time to a period when that villain is no longer alive, effectively removing you from the game.

Em outras palavras, as regras explicitamente afirmam que o GM pode simplesmente dizer não, com ou sem qualquer necessidade de justificar por que ele falhou. O restante dessa porção essencialmente descreve a resposta da sua "pata de macaco", que pode ser boa.

TL; DR: a regra 0 está sempre ativa.

You might be able to achieve something beyond the scope of the above examples...The DM has great latitude in ruling what occurs in such an instance, the greater the wish, the greater the likelihood that something goes wrong.

O texto da magia menciona a ideia que você sugeriu primeiro:

This spell might simply fail, the effect you desire might only be partly achieved, or you might suffer some unforeseen consequence as a result of how you worded the wish. For example, wishing that a villain were dead might propel you forward in time to a period when that villain is no longer alive, effectively removing you from the game. Similarly, wishing for a legendary magic item or artifact might instantly transport you to the presence of the item's current owner.

Você também pode querer considerar o recurso à razão; se eles têm acesso a essa magia poderosa, e seu antagonista é uma ameaça tão crível, não é provável que o BBEG tenha uma magia igualmente poderosa? E se assim for, deve haver alguma razão pela qual o BBEG já não desejou que eles desaparecessem primeiro. A maioria dos RPGs é razoável o suficiente para entender quando essa linha de pensamento é levantada.

Embora eu realmente ache que as outras respostas cobrem a maior parte disso, eu só queria jogar, você sempre pode jogar a carta "de um certo ponto de vista" .

"Eu desejo que todos os deuses do mal não existam." POOF - Todos os deuses são maus dependendo de quem você pede para que todos os deuses se foram. Existe agora o caos porque as igrejas nunca foram inventadas, então a anarquia moral governa os reinos.

"Desejo que Tiamat esteja morto" CRICKETS - Bem, Tiamat está morto para você. Ela ainda existe e governa com uma garra de ferro, mas você geralmente nunca ouvirá sobre o que ela faz ... Você sabe, a menos que isso o afete diretamente.

-alternately -

"Eu desejo que Tiamat esteja morto" CRICKETS - Bem, Tiamat é como um deus e não está realmente vivo, então eles não podem morrer. No entanto, graças ao seu desejo, ela foi enviada para o submundo por um microssegundo (eons para ela) e ganhou o poder de aproveitar as almas dos mortos. Você vê um exército de dragões esqueléticos, zumbificados e / ou fantasmagóricos vindo para ter uma palavra com o conjurador.

"Desejo mais desejos" POOF - É possível ter desejos ilimitados, desde que você os use um de cada vez, com longos descansos entre eles, e reserve um tempo para se preparar para esse dia.

"Wish" realmente só existiu no jogo por causa de velhas histórias em que as pessoas obtêm desejos (e o desejo de Gygax de D & D de incluir tudo, de qualquer mito, conto, fantasia, livro ou história, em qualquer lugar) . Não se encaixa bem com a Teoria da Magia que a D & D usa e nunca tem. Eu o bani (juntamente com o Limited Wish e o Alter Reality) como um feitiço há quase 40 anos, na primeira edição, e mantive essa proibição desde então. Eu permito espaço para a possibilidade de um item lendário ter um desejo nele, embora eu nunca tenha concedido um e provavelmente nunca o farei. Meu conselho é livrar-se das dores de cabeça e do disparate, e não permitir o feitiço.