Sim, a pintura impõe uma penalidade de peso significativa em aeronaves maiores. Em aviões comerciais, esse peso se traduz em uma redução na capacidade de carga, passageiros e combustível, e isso significa menos dinheiro a ser feito em cada voo. É por isso que algumas companhias aéreas optaram por remover a maior parte da tinta e optar pela aparência de metal. No entanto, existem compensações a serem consideradas, como o fato de que o metal nu é muito mais suscetível à corrosão.
Hoje em dia, remover tinta de uma aeronave é uma proposta relativamente simples, se você souber o que está fazendo. Há uma série de produtos químicos de decapagem que não agridem o meio ambiente e que, quando aplicados à superfície da aeronave, fazem com que a tinta borbulhe e retire a estrutura subjacente.
A tinta pode então ser raspada com ferramentas de plástico ou removida com uma lavadora de alta pressão, e o produto químico de remoção é lavado. Outros produtos são usados para limpar os resíduos remanescentes, tratar o metal para proteção contra corrosão, prime e pintura.
Esta explicação é intencionalmente simplista, mas abrange o básico para responder à sua pergunta. Se você quiser ver o processo em ação, verifique os muitos vídeos do YouTube que mostram gravações de lapso de tempo de aeronaves sendo pintadas. Pessoalmente. Eu acho que eles são divertidos de assistir. :)