A Alemanha parece um pouco mais barata, pois, diferentemente da França, não há pedágio (para carros) na principal rede de autoestradas. Como indicado por @ user3470, você poderia usar o ViaMichelin para descobrir quanto uma rota específica custaria a você. Qualquer rota razoável também parece passar pela Suíça e você teria que pagar pela rodovia também, mas isso não dependeria da rota, pois é uma vinheta anual.
Quanto ao resto, acho que os custos com combustível seriam praticamente iguais. No entanto, se você se deixar dirigir mais rápido na Alemanha, onde é permitido (você não precisa, obviamente), isso pode reduzir consideravelmente os custos de milhagem / aumento. Se você tiver muito tempo, você também pode ficar longe das rodovias e evitar pedágios. Também é geralmente melhor em termos de paisagem e possivelmente mais barato em termos de custo de combustível, mas eu não acho que isso seria prático em uma jornada tão longa, especialmente com crianças. Comparar alimentos entre países é difícil, mas se você estiver em um orçamento, você definitivamente deveria levar seu almoço com você de qualquer maneira.
Por outro lado, a rota mais direta pela França também passaria pelo Luxemburgo, onde a gasolina ainda é mais barata do que em todos os países vizinhos (embora talvez não tanto quanto alguns anos atrás). Agora, tudo isso é válido para combustível sem chumbo, eu nunca dirigi um carro de GLP. Notei que está disponível (certamente no Luxemburgo, geralmente também em França, na Bélgica, na Holanda…) mas nunca prestou muita atenção se estava disponível em todo o lado, quanto custava, etc. Uma pesquisa rápida na Web sugere que o GPL pode ser 25 % mais barato no Luxemburgo em comparação com a França.