Eu odeio iogurte que foi congelado mesmo uma vez, como a emulsão separa e faz a textura totalmente errada.
Mas se você não vê nenhum problema com isso, o único problema que lhe resta é a segurança alimentar. Depois de muitos ciclos, você não sabe quanto tempo sua comida ficou descongelada e quanto tempo ela ficou congelada. A solução é simples: coloque o iogurte em recipientes menores, congele-os e retire um único recipiente para cada uso.
A propósito, 3 kg de iogurte não é muito, visto que o iogurte permanece por muitas semanas em uma geladeira. Com algumas receitas pesadas de iogurte, você pode terminá-lo sem a necessidade de congelar.