A Austrália e a Nova Zelândia (que eu presumo que você esteja ciente, mas estou afirmando apenas para ser claro) são países diferentes.
Como resultado, qualquer visto obtido na Austrália é separado, distinto e não afeta o visto que você recebeu na Nova Zelândia.
Qualquer visto que você receber da Austrália não afeta vistos de outros países, incluindo seu visto de férias de trabalho da Nova Zelândia.
Se você realizou outro tipo de visto australiano, você pode ter um problema diferente, mas como você não o faz, isso não afeta você.
Aproveite sua visita à Austrália, mas esteja ciente de que ela não "pausará" seu visto da Nova Zelândia de forma alguma, e continuará afetando enquanto você estiver fora do país.