Os atrasos acumulados não são particularmente mencionados no texto do regulamento.
Não é incomum que as companhias aéreas neguem compensação em situações como a sua, onde o vôo atrasou porque a aeronave não estava pronta a tempo por causa de um atraso anterior, que estava legitimamente isento de compensação. Quando tais casos são levados a tribunal, os tribunais, no entanto, geralmente decidem a favor do passageiro. O raciocínio é que é possível para uma companhia aérea manter aeronaves e tripulações sobressalentes prontas para mitigar tais atrasos e, portanto, o atraso pode ser evitado.
O meu palpite é que a companhia aérea recusará a sua reclamação, mas que você tem boas chances se prosseguir com a sua reclamação para qualquer administração oficial responsável por lidar com tais disputas. Você deve decidir se vale a pena o esforço.