Você pode recolocá-lo, mas dependendo de quanto líquido houver, isso pode exigir muito tempo: você terá que evaporar o líquido (separado). O sabor mudará (mais sabor 'caramelizado', 'cozido'): cozimento mais longo e temperaturas mais altas no final, devido à maior concentração de material dissolvido.
Ou você pode tirar o líquido que se separou.
Para estar seguro, em ambos os casos você terá que esterilizar seu molho novamente usando o tempo de cozimento completo.
Mas por que se incomodar em saber se o sabor estava correto: essa separação é perfeitamente normal em molhos que não são muito concentrados e molhos comerciais de tomate têm aditivos para evitar essa separação (ingredientes adicionados como cenouras ajudam, e também o amido, e há outros, olhe para a garrafa). E se você usar o molho como base, você pode cozinhá-lo novamente nesse estágio.
O texto acima assume que você cozinhou o molho de acordo com as instruções sobre conservação (o suficiente para esterilizar o molho corretamente).