Uma vez que você tenha passado pela imigração, tenha coletado sua bagagem despachada e depois liberado a alfândega, você sairá basicamente do terminal. Nesse ponto, você verifica novamente a sua bagagem e vai até as partidas (mesmo terminal) ou pega o AirTrain para trocar os terminais.
Se você quiser, e se tiver tempo, não há nada que o impeça de tomar o AirTrain para o metrô ou LIRR para ir ao centro de Manhattan, ou pegar um ônibus ou táxi.