Como Neo sabia que era Morpheus no telefone e o que é Matrix?

No início do filme, Neo é fascinado por Morpheus. Quando o vemos pela primeira vez, ele adormeceu em frente ao seu computador, que está exibindo notícias e artigos relacionados a Morpheus, incluindo uma foto recente dele. Sabemos que Morfeu às vezes retorna à Matriz em missões para a resistência, então provavelmente Neo está lendo sobre essas visitas de retorno.

Quando Neo conhece Trinity na boate, ela não menciona o nome de Morpheus, mas sugere que ela o conhece e sabe que Neo está procurando por ele:

Please. Just listen. I know why you're here, Neo. I know what you've been doing. I know why you hardly sleep, why you live alone and why, night after night, you sit at your computer. You're looking for him. I know because I was once looking for the same thing, but when he found me he told me I wasn't really looking for him. I was looking for an answer.

No dia seguinte, Neo acorda em seu apartamento e vai para o trabalho. Um celular misterioso é entregue a ele, e quando ele pega, alguém o chama imediatamente. O chamador é um homem, então não pode ser Trindade. As outras pessoas que ele conhece dificilmente entrarão em contato com ele de uma maneira tão peculiar. Neo salta para a conclusão de que o interlocutor é Morpheus e, como se vê, ele está correto.

Nunca é explicado como Neo ouviu falar da Matrix, mas podemos assumir que é semelhante a como ele conhece Morpheus e Trinity: De rumores e pistas deixados na Internet e no subterrâneo hacker por Morpheus, Trinity e outros na resistência.

Embora a resposta do Royal Canadian Bandit fosse excelente, eu gostaria de expandir um ponto que, acredito, ajudará a explicar um pouco sobre essa parte da sua pergunta:

Both these points make me feel like Neo had some things to do with The Matrix before the events of the movie. I know that he has a hunch that something isn't right but these things make it appear as if he was already doing stuff against the matrix from within before being freed.

Alerta potencial de spoiler para quem não viu " Matrix Reloaded " ou " The Matrix Revolutions " :

When Neo meets "The Architect" in "The Matrix Reloaded," he is informed that he is actually the sixth version of "The One" since the inception of the current version of the Matrix (the one based on the "real world" circa 1997 as opposed to the original, failed version, which was Utopian in nature). The Architect further explains that Neo has a choice:

    1. Return to "the source," allowing his "code" to be re-inserted into the Matrix's prime          program for the purpose of eradicating the threat of a quickly-replicating Agent Smith,          upon which time the system would then restart. This would result in the eventual death of          every living member of the resistance as well as the destruction of Zion, but it would          also avoid a cataclysmic failure of the matrix as a whole, preventing the eventual          system-takeover by Smith (who, if allowed to continue infecting every other program,          would eventually have the ability to kill every human being still connected) allowing the          human beings who were never freed to continue living unaware of their captivity, starting          the cycle of "the One" all over again.

    2. Return to the matrix, attempt to save Trinity (who was shot in the chest by Smith),          continue to fight for the survival of Zion/peace with the machines, and pursue the          goal of freeing every person still connected to the matrix en masse. But should Neo fail,          Smith would continue to infect every remaining program within the Matrix, guaranteeing          the extinction of humanity AND the machines (without human beings, the machines          would no longer be able to convert human body heat into electricity, essentially robbing          them of their "life force.")

The Architect expresses during his conversation with Neo that Neo's life and the path he's taken to get to where he is (specifically, the place and time in which he was having that conversation with the Architect) are inherent to his existence, admitting that, despite all attempts to the contrary, he could not figure out a way to prevent the inevitability of the next version of "The One" eventually having that same exact conversation with the Architect at some later point in time (should Neo choose to return to "the source," allowing the cycle to start over again).

Because it is inherent to Neo's existence that he is destined to repeat the same actions over and over again (until he breaks the cycle and chooses against returning to "the source"), we can also assume that the knowledge of the Matrix, the members of the resistance, and the existence of "The One" is also ever-present in Neo's psyche, never allowing him to forget that which he is destined to do in perpetuity, even if he doesn't remember everything completely until Morpheus eventually finds him.

A matriz é uma realidade simulada e o objetivo do Morpheus é conscientizar as pessoas sobre sua existência. Assim, a comunidade de hackers é provavelmente a mais fácil de convencer: eles têm o conhecimento técnico para entender seu mecanismo, eles estão de alguma forma à margem da sociedade e ávidos de liberdade.

Podemos inferir que o Matrix é uma espécie de lenda urbana na comunidade de hackers. Talvez a Matriz não seja explicitamente conhecida como uma realidade simulada (quem acreditaria nisso?), Mas Morpheus está espalhando algumas dicas para testar os Potentes. Neo, sendo o One, provavelmente foi atraído por essas informações.

Além disso, Neo provavelmente não conhece a voz de Morpheus, mas é levado a Morpheus por várias pistas (o coelho branco, Trinity, ...). Então ele (justamente) acredita que está falando com Morpheus.