Eu sempre vou com o meu intestino nessas situações, então raspá-lo é provavelmente uma boa idéia.
Se o verde não fosse realmente escuro e mofado, ou muito macio em comparação com o resto da carne, pode ser que ele ainda não estivesse totalmente maduro nessa área.
De qualquer forma, você está planejando cozinhar a abóbora, correto? Acredito que seria perfeitamente seguro comer agora que as partes questionáveis foram removidas. Eu comia sem escrúpulos.
Se o resto do squash foi firme, e não é ruim olhando do lado de fora ou de dentro, então eu estou supondo que isso não é um problema, a menos que a parte verde seja muito mais macia do que o resto do squash.