Algumas das atrações turísticas mais populares são acessíveis por trem BART sem ter que transferir. Também Nate já postou o link para a informação de armazenamento de bagagem:
Lugares populares para visitar são a Union Square, o Embacedero até o Pier 39 e a ponte Golden Gate. Para visitar o último, você precisaria pegar um ônibus ou fazer uma longa caminhada - provavelmente não tão adequada para uma escala de 11 horas.
O BART levará cerca de 1 hora em cada sentido, mas você deve ter 7-8 horas no centro da cidade, o que deve ser suficiente para um primeiro olhar.
Como sugestão, pegue qualquer guia de viagem e escolha alguns lugares que pareçam bons perto da Market Street e perto do centro da cidade para visitar. Você também pode caminhar da Market Street até a Little Italy, passando pela Lombard Street e caminhando de volta ao Embacedero. Você vê um pouco do "real" San Francisco (ou seja, onde as pessoas vivem) dessa maneira.