Pode valer a pena dividir a viagem em duas ou mais viagens separadas e pesquisá-las separadamente; mantendo os principais vôos de saída e de retorno juntos (mais todas as conexões), mas olhando para a viagem dentro da viagem separadamente.
Por exemplo, quando estou viajando de Seattle nos EUA para a Europa para conversar com a família e também para fazer minha própria viagem, eu geralmente reservo uma "mandíbula aberta" para os dois pontos finais da viagem com as conexões. Assim, por exemplo, Seattle-Bruxelas via Amsterdam, e retornando Dublin-Seattle via Atlanta.
Então, para a viagem dentro da Europa durante a viagem - Bruxelas a Dublin neste caso - posso usar uma combinação de trens ou vôos reservados diretamente em sites de companhias aéreas de baixo custo (Ryanair, EasyJet, etc.). Essas linhas de orçamentos geralmente não são exibidas em nenhum dos mecanismos de pesquisa de voos usuais (Expedia, Orbitz etc.) e geralmente precisam ser reservadas diretamente. Além disso, se você nunca usou uma companhia aérea de baixo custo, leia os prós e contras antes de usar um deles. Às vezes os aeroportos estão fora de mão e podem não ter boas conexões de trânsito, e podem exigir que você imprima um cartão de embarque antecipadamente (ou cobra um extra no balcão!) Ou cobra mais pela bagagem despachada; e muitas vezes não vão despachar a bagagem para outro voo, por isso, às vezes, são úteis apenas para as pernas ponto a ponto em um itinerário maior.
Eu fiz algo parecido no Japão um tempo atrás, usando um dos principais sites para reservar o vôo de / para o país, então encontrei uma transportadora de orçamento dentro do Japão para fazer um voo de Tóquio / Sapporo; e usei um railpass para trabalhar em Tóquio e além. Nenhum dos principais mecanismos de busca dos EUA sabia sobre a companhia aérea interna que eu usava e sabia apenas sobre outras operadoras importantes que eram várias vezes mais caras.
(Se você usar essa abordagem, certifique-se de ter pelo menos um dia entre duas viagens reservadas separadamente; nunca tente fazer duas reservas separadas consecutivas, porque as partes envolvidas não reconhecerão as reservas separadas como relacionado, por isso não vai verificar a bagagem de um para outro, e não vai reagendar os vôos no último caso você está atrasado em um anterior.)