Você deve obter selos neste caso, ao atravessar da Croácia para a Eslovênia. Na minha experiência, os procedimentos nestas fronteiras terrestres foram um pouco relaxados, mas eu costumo cruzar de carro em vez de de autocarro e não o cruzei desde que a Croácia aderiu à UE. Eu também estava cruzando sem visto. No seu caso, com um visto e em um ônibus, eu esperaria que eles lhe dessem um carimbo como é natural, como deveriam.
(Você certamente não receberá um selo na fronteira entre a Eslovênia e a Itália porque ambos os países pertencem ao espaço Schengen. Portanto, não há controles sistemáticos nessa fronteira. Mesmo que você seja verificado por algum motivo, você ganhou obter um carimbo de entrada Schengen porque você não vai entrar no espaço Schengen.)
Sua experiência em Roma pode ser problemática se você não tiver um carimbo de entrada. Se os oficiais eslovenos não lhe derem um, você deve pedir um.