Sim, o Portent funcionará a partir do Plano Etéreo

Estados Portentos, ênfase minha (PHB, 116)

You can replace any attack roll, saving throw, or ability check made by you or a creature that you can see with one of these foretelling rolls.

O DMG (página 48) fornece as limitações de estar no Plano Etéreo:

Normally, creatures in the Border Ethereal can't attack creatures on the overlapped plane, and vice versa...This makes the Ethereal Plane ideal for reconnaisance, spying on opponents, and moving around without being detected.

Isso parece indicar que a única limitação natural de estar no Ethereal é que você não pode atacar nos planos. Ver e usar habilidades mágicas não é limitado.

Eterealidade vs O Plano Etéreo

Isto é diferente das limitações da solidão do feitiço (PHB, 238). A eterealidade tem regras específicas que sobrepõem a regra geral para o Plano Etéreo, mas neste caso não é aplicável porque a magia e suas regras específicas não são relevantes para o Assistente de Simulacro no Plano Etéreo.

Ver é acreditar

O Assistente de Simulacro no plano Etéreo precisa apenas ver seu alvo para ativar o Portent. O alvo é visível para o Assistente de Simulacro e a limitação de estar no Plano Etéreo é apenas que eles não podem atacar. Isso permite que o Assistente de Simulacro use sua habilidade Portent através do Ethereal para o Plano Material. As regras para o Plano Etéreo apenas previnem ataques, portanto, é possível usar sua Capacidade de Portent, pois eles precisam apenas ver seu alvo.

Da mágica "Etherealness":

"While on the Ethereal Plane, you can only affect and be affected by other creatures on that plane. Creatures that aren't on the Ethereal Plane can't perceive you and can't interact with you, unless a Special ability or magic has given them the ability to do so."

Os feitiços especificam explicitamente se eles afetam criaturas no plano Etéreo, como forcecage, que especifica que ele se estende para o ethereal. Portent não contém nenhuma ressalva.

Assim, pode-se supor que isso se estende àqueles no plano Etéreo por outras razões também.