Isso acontece muito quando as facas são mais de aço carbono vs. aço inoxidável. Eu tenho muitas facas japonesas, e isso acontece quando eu não limpei imediatamente a lâmina após a lavagem, ou quando cortei alimentos mais ácidos, e não limpei a faca com uma toalha úmida.
Eu uso uma borracha de ferrugem japonesa, e a maioria, se não toda, a ferrugem vai sair, e ela não vai arranhar a superfície da faca se você correr ao longo do grão do metal. Estas borrachas são bastante baratas no seu mercado japonês local, ou você pode obtê-las on-line. Eles têm uma pequena quantidade de abrasivo nele.
No seu caso, será um pouco difícil, pois o grão de sua faca está subindo e descendo a faca. Mas se você não se importar muito com um pouco de arranhões, então você pode correr o comprimento da borracha de um lado para o outro, ao longo de sua faca.
Outra alternativa é usar um limpador em pó não coçando, como Bon Ami ou Bar Keepers Friend e uma batata cortada ou dai-kon (rabanete asiático) para polir a lâmina. Tente uma área pequena primeiro e, em seguida, se funcionar, polir a lâmina inteira. Lave e seque imediatamente.
Para ver uma demonstração desta técnica, gostaria de ver alguns vídeos do youtube, de Jon Broida, no Japanese Knife Imports. Ele é um afiador de facas e proprietário de uma loja de facas em Los Angeles.