Você tem duas perguntas - por que é assim e o que acontece se não é. Vou tentar responder a ambos.
Favorecido inimigo através dos tempos
Em AD & D, você recebe seu bônus contra todos os tipos de monstros, de goblinóides a kobolds a gigantes, mas não dragões ou humanos ou aberrações. Em AD & D 2e, você tinha que escolher uma criatura específica, mas pelo menos você teria que escolher. A versão de 3e estava no meio do espectro histórico - você escolhe uma gama de criaturas para aplicar seus bônus. Assim, provavelmente não estamos olhando para uma consideração de equilíbrio - esta decisão foi inspirada, pelo menos em parte, pelo que veio antes.
Humanóides são mais comuns e mais diversificados
Imagine dois beholders. Eles são provavelmente muito parecidos; um pode ser avançado por HD, um pode ter feitos diferentes. Imagine dois kobolds. Um pode ser um lacaio de carne de carneiro de CR 1/3, o outro pode ser um feiticeiro de 20º nível que pode explodir casualmente você e sua família, porque ele avança por níveis de classe. Eu não acho que seja muito difícil dizer que a maioria dos NPCs em qualquer campanha será humanóide - elfos, anões e assim por diante. Ser capaz de aplicar seu bônus contra todos eles seria muito melhor do que escolher aberrações, por exemplo.
Em muitas campanhas, o requisito de subtipo não será reproduzido. Você luta com kobolds e lagarto, mas não com os anões, porque eles são seus amigos. Ou vice-versa. Só você sabe quantos subtipos são representados pelas raças inimigas designadas no seu jogo.
Será quebrado?
Imagine que o seu ranger fica em linha reta recebe bônus do Favored Enemy contra tudo que ele conhece. +2 de dano em todos os ataques de armas, gradualmente escalonados para +10 no nível 20. E bônus para algumas habilidades. Isso está quebrado? Na minha mesa, a resposta é não. Na sua mesa, a resposta pode ser diferente.
Você também precisa considerar complementos para o inimigo favorito. Três poderosas vêm à mente: Caçador Rápido (causa dano de precisão a inimigos favorecidos mesmo se eles estiverem imunes), Ataque de Poder Favorecido (o dobro do bônus de Ataque Poderoso) e Nêmesis (detecta inimigos favoritos). Se você permitir tais opções em sua mesa, o valor do Favored Enemy aumenta, mas ainda importa apenas tanto quanto a diversidade do seu elenco.