Se você estiver indo para Lisboa, Frankfurt é onde você vai passar pelos controles de fronteira Schengen de qualquer maneira . O voo de Frankfurt para Lisboa fica dentro de Schengen e não envolve cheques de passaporte (exceto o que a companhia aérea faz no portão para garantir que a pessoa que voa seja o mesmo que eles venderam).
Depois de chegar a Frankfurt e passar nos cheques de fronteira, você está livre para sair do aeroporto.