Existem duas razões para rejeitar essa possibilidade específica (que é, na verdade, até onde eu posso dizer, uma teoria popular de conspiração de fãs - veja o número 2. Acho que você não foi o único que achou lógico que terminasse como FAQ no site da JKR:)
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Durante a Batalha de Hogwarts, Voldemort pergunta sobre Neville (quem ele é) e basicamente o trata como qualquer outro garoto de sangue puro, não como um possível arqui-deus. Isto é dos livros, como você pediu.
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Além disso, a Palavra de Deus. A própria JKR disse isso. De agora extinta "J.K.Rowling Official Site", área de FAQ, "Seção: Rumores":
The Lestranges were sent after Neville to kill him (rumor)
No, they weren’t, they were very definitely sent after Neville’s parents. I can’t say too much about this because it touches too closely on the prophecy and how many people knew about it, but the Lestranges were not in on the secret.
(source: WaybackMachine link)