Conservas de frutas têm muita coisa acontecendo. Eles têm muito açúcar e pectina e, às vezes, fibras da fruta. Eles já foram cozidos por um tempo e os sabores de frutas que sobraram estão lá para ficar.
Os aromas líquidos são principalmente álcool com compostos aromatizantes voláteis. Eles são adicionados tarde a uma receita porque eles fervem facilmente - a uma temperatura mais baixa do que a fervura da água.
Eu não conheço uma maneira de preparar o sabor líquido para que ele seja menos volátil. Eu não consigo pensar em uma vez que eu vi isso feito. Talvez se você misturasse em outra gelatina que protegesse o calor durante o cozimento. Talvez uma maçã gelatinosa com seu tempero misturado. Eu suspeito que a maior parte do sabor ainda fervesse a menos que você adicionasse a geléia no final do cozimento.
Acho que você teria mais sucesso em fazer um recheio que possa adicionar depois que os cookies estiverem prontos. Seria uma textura diferente sem as bordas cristalizadas, mas ainda assim seria bom. Os esmaltes de pectina NH são usados comercialmente para esse tipo de coisa.