Não tenho conhecimento de um site agregador que facilite a pesquisa, mas você pode obter vários níveis de dados históricos do FlightAware se desejar explorar voos individuais (14 dias de histórico para uma conta gratuita não registrada , 3 meses para uma conta gratuita registrada e teoricamente anos para uma conta paga).
Aqui está uma amostra de como são os dados para uma conta não registrada para a primeira etapa do vôo hipotético de Praga-Thessaloniki na Lufthansa. Você teria que procurar manualmente e juntar-se a isso com os dados para a perna Munich-Thessaloniki e, provavelmente, também aplicar algum julgamento sobre o que constitui uma conexão impossível de ser feita.