Eu apostaria que foi uma combinação de fatores.
- Restrições de tempo / dinheiro - o orçamento de um filme que já tem muitos efeitos especiais não se estende indefinidamente. Além disso, a cena levaria algum tempo, tendo que mostrar os fogos nas portas, lendo (talvez mais de uma vez) o poema, mostrando as poções, fazendo os personagens terem tempo para descobrir, etc.
- Relação de relevância - como você disse, cada personagem pode brilhar em cada situação. Hermione fez no desafio da Herbologia, lembrando-se de como combater a planta
- Kids & Veneno - apesar do filme ter várias alusões à morte e tal, é destinado a um público infantil, onde a magia sempre pode ser usada para o bem e o amor supera tudo. Referências ao veneno não têm a sensação 'mágica' e o medo de queimar vivo também pode não ser apropriado
- Valor da cena - Enquanto em todos os outros desafios, há algum ato óbvio dos atores (parado / não entrando em pânico, voando, comandando peças de xadrez), neste, Harry e Hermione ficariam parados como ela quebrou o quebra-cabeça
- Timing - é uma cena muito lenta se você pensar nisso. Apenas personagens olhando para um poema e pensando nisso. O diretor pode ter pensado que não se encaixava bem na corrida final contra o tempo, quando Harry tentou parar o bom e velho Voldy