Um Feiticeiro Dracônico Bloodborn pode escolher diferentes ancestrais dracônicos para sua raça e classe?

Você pode de fato escolher um Antepassado do Dragão para o recurso de classe do seu feiticeiro e um diferente para o traço racial do seu draconato.

Jeremy Crawford confirma isso aqui :

A dragonborn sorcerer can choose a different ancestor for the racial trait and for the Dragon Ancestor feature.

Note que a descrição do draconato declara que a espécie desceu (em algum momento) dos dragões, enquanto a descrição do feiticeiro da linhagem dracônica é a seguinte:

Your innate magic comes from draconic magic that was mingled with your blood or that of your ancestors. Most often, sorcerers with this origin trace their descent back to a mighty sorcerer of ancient times who made a bargain with a dragon or who might even have claimed a dragon parent. Some of these bloodlines are well established in the world, but most are obscure. Any given sorcerer could be the first of a new bloodline, as a result of a pact or some other exceptional circumstance.

Como tal, o feiticeiro da linhagem dracônica pode não necessariamente ter um "pai dragão", mas foi tocado pela magia do dragão de alguma outra forma. Realmente, você pode saboreá-lo como quiser.

Não há regras que justifiquem que você precise escolher o mesmo tipo de dragão para ambos.

Certamente seria temático para fazê-lo, mas do ponto de vista puramente mecânico, escolher dois tipos de dragão diferentes lhe dá mais resistências (uma o tempo todo, da sua raça e uma que você pode ligar com um ponto de feitiçaria). E como a sua arma de sopro não se beneficiaria da Afinidade Elemental (como não é um feitiço), não há benefício real em se sobrepor.