Por que os aceleradores de aeronaves, como o Twin Otter, são colocados no painel superior?

Acho que foi por dois motivos:

• Faz o caminho direto para os controles alcançarem os motores, já que todos eles são transmitidos por cabo. Muitas dessas aeronaves também foram projetadas para climas difíceis, então imagino que seja uma vantagem ter menos polias e outras coisas que possam enferrujar e exigir manutenção.
• Há muito pouco espaço para colocar as manetes mais abaixo, especialmente com a coluna de controle montada na DHC6 Twin Otter, onde está. Se você quisesse um pedestal, teria que separar as colunas de controle, exigindo mais componentes mecânicos, e teria que direcionar os cabos do motor para cima, o que seria indesejável.

Como você mencionou, há desvantagens. Os mais citados são:

• Não é particularmente confortável ter o seu braço levantado por um longo período de tempo, e você perde alguma sensibilidade nele.
• Você espera que o outro piloto tenha usado seu desodorante naquela manhã.

Outras aeronaves semelhantes que usam essa configuração são o PBY Catalina e o Grumman Goose. Outro é o avião de transporte pesado Avro York.

Os reguladores de sobrecarga são uma coisa bastante comum nos hidroaviões (veja a imagem na resposta do Manfred ).

Isso realmente surgiu como uma FAQ da EAA Young Eagles e, além dos motivos, Manfred deu o engenheiro de Grumman que eles falaram para dar uma explicação que eu não tinha ouvido antes:

…first and foremost, the reason the throttle are overhead is due to a physiological issue related to the g-forces encountered during water landings. At times, forces as high as 3 Gs can be registered on contact with the water, and by having the throttles hanging down from a pivot point above, it's nearly impossible for the hand of the pilot to bend the throttle.
When the downward force is encountered, the pilot's hands will move downward as well, so the force is applied to the throttle in a way that will not damage the linkage, and it will not likely result in an abrupt throttle position change. With a panel mounted throttle, it's likely that a higher-G landing on the water (or on the deck of a carrier) would result in a bent throttle.

No caso de um avião multiponto de asa alta, como os hidroaviões Grumman, a distância e um caminho menos complicado para um cabo de aço do controle de aceleração para o motor podem ter muito a ver com essa escolha de projeto. No entanto, este é um palpite completamente livre de fatos .....