Como sabemos que nascer logo, a Visão estava sofrendo por uma crise de identidade / existencial, descobrindo o que ele é, seu propósito, razão de existência etc.
A conversa entre ele e os Vingadores mostrou que ele está do lado bom, e a conclusão da reunião foi que 'Ultron deve ser destruído'.
Destruir o Ultron através da internet nunca foi uma opção ou uma possibilidade, a Vision tornou-se parte da equipe que iria combater o ultron e impedi-lo de sobreviver à raça humana.
Na cena da luta, vemos a Vision tentando desligar Ultron ou qualquer outra coisa, mas isso só foi possível por contato físico.
Em suma, nenhum método / procedimento foi mostrado no filme para desligar a Ultron via Internet, o Ultron estava apenas usando a Internet e seus recursos e tudo o que pode ser feito, desde o acesso a dados secretos da SHIELD até a realização de transações líquidas.