Smith deve ter tido a ajuda do Trainman.
Primeiro, alguns antecedentes:
Quando o agente Smith foi destruído por Neo no final de The Matrix , ele foi sinalizado para exclusão.
You destroyed me, Mister Anderson. Afterward, I knew the rules, I understood what I was supposed to do but I didn't. I couldn't. I was compelled to stay, compelled to disobey. And now here I stand because of you, Mister Anderson, because of you I'm no longer an agent of the system, because of you I've changed - I'm unplugged - a new man, so to speak, like you, apparently free.
Quais eram essas regras que ele estava falando? O Oracle havia acabado de explicar:
The Oracle: ...usually a program chooses exile when it faces deletion.
Neo: And why would a program be deleted?
The Oracle: Maybe it breaks down. Maybe a better program is created to replace it - happens all the time, and when it does, a program can either choose to hide here, or return to The Source.
Desde que Smith escolheu "desobedecer", ele era evidentemente um exilado escondido na Matriz.
Como você sabe, o Trainman controla a Mobil Avenue, que é usada por exilados que entram no Matrix. É também importante notar, no entanto, que o Trainman trabalha para os merovíngios - assim, efetivamente, os controles merovíngios podem entrar na Matriz através da Avenida Mobil.
No caso de Neo, o Merovingian ordenou ao Trainman para manter Neo na Avenida Mobil, porque o Merovingian odeia o Oráculo e, portanto, se opõe a Neo (porque, como The One, Neo é parte do sistema criado pelo Oráculo que revou o Merovingian obsoleto ). Impedir que a Neo volte a entrar no Matrix impede que a Neo e o Oracle trabalhem juntos.No entanto, Smith e o Merovingian têm inimigos comuns no Oráculo e Neo (o inimigo do meu inimigo é meu amigo). Os merovíngios, sem dúvida, ordenaram ao instrutor que ajudasse Smith, para que Smith pudesse trabalhar contra Neo e o oráculo. Isso provavelmente também é como Smith adquiriu acesso aos backdoors (veja o segundo ponto) .
É possível que Smith, de alguma forma, tenha tido acesso à Matriz por algum outro caminho, devido ao fato de ser um ex-agente. No entanto, o fato de Smith explicitamente dizer que ele não é mais um agente do sistema sugere que esse não é o caso. Além disso, os Agents parecem não ter uma rota especial para a Matrix, de qualquer maneira, desde que Rama Kandra disse a Neo na Mobil Avenue que
I know that if you want to take something from our world into your world that does not belong there, you must go to the Frenchman.
Rama Kandra disse a Neo que este era o único caminho para o Matrix do mundo das máquinas, então não parece que os Agentes tenham outro caminho. Além disso, como um exilado, Smith "não pertence [na Matriz]", assim Smith teria que ir aos franceses (os merovíngios) para reentrar na Matriz.