Existe pelo menos uma solução em que posso pensar enquanto adere ao cânone do universo cinematográfico.
Baseado em agentes da SHIELD, SHIELD e, portanto, a HYDRA tem acesso a viagens espaciais e foguetes. Mesmo supondo que ele não possa ser morto, se a HYDRA for capaz de lançá-lo no espaço, provavelmente através de truques ou algum tipo de restrição temporária, ele será suficientemente neutralizado. (Eu duvido que seria muito difícil convencer um cientista a ir para o espaço, e se eles ainda estivessem sob o disfarce da SHIELD eles poderiam apenas alegar que era algum tipo de missão) Não importa o quão strong ou indestrutível você seja, você não pode faça muito se estiver flutuando no vácuo. Obviamente, isso pode ou não ter sido o plano da HYDRA, mas eles tiveram acesso aos recursos necessários.
Aparentemente, a solução "enviar para o espaço" foi usada durante pelo menos um arco cômico, "Planet Hulk"