Os Engenheiros são construtores de planetas que semeiam planetas com o dom da vida. É mostrado no início do filme que os Engineers visitam a Terra repetidamente, pois sua figura apontando para uma constelação de estrelas é encontrada ao longo da história.
Quando o filme começa, um Engineer bebe o fluido escuro, que inicia essa reação em cadeia da vida. Esse fluido é tão poderoso que pode transformar um planeta morto em uma Terra viva.
Quando a tripulação do Prometheus pousa no planeta alienígena, e eles entram no túmulo, seus degraus descobrem vermes que são preservados no túmulo. Eles ainda estão vivos e rastejando. Os cilindros da tumba começam a vazar o fluido preto e os vermes se misturam com o fluido. Esses vermes evoluem para as criaturas semelhantes a cobras que mais tarde atacam os dois membros da tripulação presos na tumba.
Mais tarde, apenas o capitão de Prometeu se refere aos cilindros negros como bombas ou armas. Quando Elizabeth está conversando com David, ela pergunta por que os Engineers queriam destruir a Terra, David responde "às vezes antes que você possa criar você deve destruir".
Eu não acho que os Engineers estavam indo para destruir a Terra, tanto quanto "reiniciá-lo". É claro que eles tomaram um papel ativo em fazer o nosso planeta, mas eles tinham algum tipo de agenda que não é definida no filme.
É por isso que, no final do filme, Elizabeth voa para o seu mundo natal. Para descobrir por que os engenheiros decidiram que a Terra era um fracasso.
EDITAR:
Eu respondi a essa pergunta há dois anos, mas desde então muita coisa foi revelada sobre o enredo de Prometheus por Ridley Scott. O seguinte vem de várias fontes que eu li.
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No início do filme. Ilustrações de figuras apontando para as estrelas indicam que esta foi uma mensagem dos Engenheiros. Ridley declarou em uma entrevista que não há nada no filme que indique que esses números eram Engenheiros, e que a indicação poderia ter sido um aviso, não um convite.
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Ridley diz que o primeiro planeta mostrado no início, onde um engenheiro se sacrifica, não era a Terra, nem indica se era uma referência histórica ou um dia presente.
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Ridley Scott disse em uma entrevista que a razão pela qual os Engineers queriam destruir a Terra (especificamente a humanidade) era porque Jesus Cristo era um Engenheiro. Os Engineers fizeram o homem, o homem foi mal, então eles enviaram um Engineer para tentar consertar o problema. Nós crucificamos o Engenheiro e aparentemente eles não gostaram disso.
Existem muitos outros tópicos controversos relacionados ao filme, mas eu decidi apenas referenciar as coisas que vieram diretamente de Ridley.