Eu me perguntava a mesma coisa, mas nunca vi uma resposta in-universe para essa pergunta.
Alguns relés estão em pares e apenas apontam um para o outro (como o relé Omega 4); então faria sentido se eles sempre apontassem um para o outro.
Mas há alguns que podem segmentar vários relés. Eu nunca vi uma discussão sobre as regras de como isso funciona. O drible estelar moveria relés (mesmo os pareados), então tenho certeza de que eles têm algum tipo de sistema de navegação para fazer ajustes de algum tipo. Eu suponho que teria que ser alinhamento físico, já que é viagem FTL (mais rápida que a luz), não um buraco de minhoca.
Não sei como, no seu exemplo, o Mako altera a orientação do início ao fim. Eu acho que se ele entrasse levemente girando levemente, no momento em que chegasse ao outro lado, poderia sair com outra orientação. Mas eu acho que esse é o único exemplo que vimos em Mass Effect, onde isso acontece. Talvez tenha sido algo especial com esse revezamento desde que foi construído na Citadel?