A maioria das fontes de dano bônus se aplica a ambas as setas
O Pathfinder é realmente muito melhor em indicar o que é e não é um dano de precisão do que o seu antecessor. O ataque furtivo do ladino e do ninja, bem como o bônus de dano dos talentos Sombra Greve e Precisão do Golpe (ambos no APG), são especificamente chamados de dano de precisão. Você pode razoavelmente assumir que qualquer coisa não marcada como "dano de precisão" não é realmente dano de precisão (com relação ao material Paizo de qualquer maneira - é possível que algum material de terceiros seja marcado como dano de precisão mas não é) e deve ser adicionado se também não é dano crítico.
O takeaway é que qualquer outro bônus de dano de acerto não crítico deve ser adicionado normalmente para ambas as flechas. São dados exemplos de bônus de força e inimigo favorecidos, mas também inclui o dano elemental de efeitos sagrados, flamejantes, gélidos, corrosivos e similares, assim como qualquer bônus extra de precisão dos talentos seria adicionado duas vezes.
... mas você disse "mais" ...
Algumas propriedades mágicas somente são acionadas em um acerto crítico e, portanto, são consideradas um dano crítico. A explosão flamejante e propriedades semelhantes que adicionaram dano a um crítico só devem ser adicionadas uma vez, em vez de uma vez para cada seta, por causa disso.