O uso de apelidos como M e Q é, na verdade, mais relacionado à tradição e ao anonimato tradicional do que ao sigilo. (Veja minha resposta para outra pergunta do Bond para saber mais sobre isso.) Você pode ver colegas se misturando socialmente (as cenas de abertura de License to Kill vem à mente) e Bond aparece no apartamento de M em algumas ocasiões. M, Q e Miss Moneypenny são todos convidados para o casamento de Bond no OHMSS, e a cena, IIRC, começa com "Sua Alteza Real". Eu diria que essa mistura fora do escritório não é feita sem o conhecimento de seus nomes verdadeiros. Além disso, M é muitas vezes um nomeado político bem conhecido, assim como o chefe do MI6 real. O primeiro M foi um Sir Miles Messervy.
James Bond também tem um apelido dentro do MI6 - ele é 007. Eu não acho / considero Moneypenny como um nome de código.
(A questão de por que Bond não usa um alias fora MI6 é boa. Embora a resposta correta para isso seja, claro, "porque são os filmes", é uma explicação bastante fraca no universo para isso.
A frente de James Bond quando ele está no trabalho é que ele é um funcionário da Universal Exports, uma empresa-fantasma criada pelo MI6. Presumivelmente, isso também explica suas freqüentes viagens ao exterior e o mundanismo geral. No entanto, quando esse pseudônimo não combina com seus propósitos, ele assume alegremente outras personae, como o de Sir Hilary Bray (OHMSS), James St. John Smythe (aVtaK), e outros.)