45 minutos de ebulição é tempo mais que suficiente para amaciar as batatas, independentemente da altitude.
As batatas pré-assadas antes da torrefação liberam e gelatinizam os amidos do lado de fora das batatas, que ficam bem crocantes quando torrados. Não fará nada útil em seu ensopado.
O provável culpado por suas batatas não amolecerem é provavelmente ácido.
Quando as batatas são fervidas com ácido (suco de limão, vinagre, tomate, etc), o ácido e o calor fazem com que a pectina na superfície das batatas gelifique. Às vezes isso é desejável para coisas como batatas fritas, mas pode torná-las firmes demais em outros casos.
Se a sua receita tiver ingredientes ácidos, pode adicioná-los perto do final da cozedura ou, pelo menos, depois de as batatas terem tido tempo para amaciar adequadamente.