É provável que a Federação do Comércio não tenha sido comprada ou doada, foi nacionalizada .
Um exemplo histórico relevante é a Companhia Britânica das Índias Orientais. Era uma empresa privada controlada por seus investidores; governou grandes territórios e comandou suas próprias forças militares. No entanto, não era um governo soberano em si e, finalmente, tinha que responder ao Parlamento britânico. Em 1858, o Parlamento decidiu assumir a empresa. Do link :
The Government of India Act 1858 was an Act of the Parliament of the United Kingdom (21 & 22 Vict. c. 106) passed on August 2, 1858. Its provisions called for the liquidation of the British East India Company (who had up to this point been ruling British India under the auspices of Parliament) and the transference of its functions to the British Crown. Lord Palmerston, then-Prime Minister of the United Kingdom, introduced a bill for the transfer of control of the Government of India from the East India Company to the Crown, referring to the grave defects in the existing system of the government of India.
Não sabemos ao certo, mas a relação da Federação de Comércio e do Senado Galáctico pode ter sido semelhante à da Companhia das Índias Orientais e do Parlamento. Suponha que o Imperador tenha ordenado ao Senado que revogasse a carta da TF. A lei, então, deixaria o vice-rei em exercício, a não ser para se submeter. Na melhor das hipóteses, ele poderia ter conseguido negociar termos ligeiramente melhores em nome dos investidores da TF.
A única alternativa do TF era continuar a rebelião armada contra o Império. Não apenas o vice-rei da TF, mas Dookan, Grievous e a maioria dos outros líderes rebeldes estavam mortos; Darth Sidious não estava mais em contato com eles (porque ele havia se tornado o Imperador, mas o FT não sabia disso); e parece que o Império tinha a vantagem em termos militares. Por isso, é plausível que o FT tenha decidido submeter-se à nacionalização.
Edit: O texto acima descreve a situação legal do ponto de vista do Império. Não sabemos nada sobre a política interna da Federação do Comércio, ou se o vice-rei em exercício tinha tecnicamente a autoridade para se render. O artigo da WookiePedia menciona:
there was still some resistance. [...] Some of the insurgents were absorbed into the Rebel Alliance in 2 BBY.
Assim, parece que alguns elementos do FT rejeitaram a rendição e continuaram a lutar contra o Império. Mas, dada a situação militar e política, acho que podemos supor que a maior parte do TF cedeu de boa vontade.