O Escudo Animado diz que
protects you as if you were wielding it.
Isso implica strongmente que você não está empunhando.
O recurso de defesa não armada do Monk funciona
while you are wearing no armor and not wielding a shield.
Portanto, o uso de um Escudo Animado não deve interferir.
Quanto à proficiência, o único requisito para usar um Escudo Animado é que você esteja em sintonia com um Escudo Animado, então isso não deve ser um problema. Há um argumento contra isso, porém:
The Animated Shield protects you as if you were wielding it.
Felizmente, empunhar um escudo com o qual você não é proficiente não afeta como ele protege você; tudo isso faz com que você tenha um monte de penalidades para outras coisas.
Como o Escudo Animado "protege você como se você o estivesse empunhando", e não "dá a você penalidades como se você estivesse empunhando", isso não é um problema.