A menos que as coisas tenham mudado desde a última vez que olhei para isso (e já faz alguns anos), sua única opção é voar . Nestes dias de transportadoras de baixo custo, também pode ser mais barato voar por exemplo. Kuala Lumpur na Air Asia, mesmo que isso não faça sentido geograficamente.
E por que não há balsas: o sul das Filipinas (Mindanao) é strongmente muçulmano e, em parte, é pouco menor do que uma zona de guerra, enquanto o norte de Sulawesi é strongmente cristão. Há, portanto, menos conexão cultural e, consequentemente, menos demanda, do que você pensaria apenas da distância.