No episódio Não há lugar como a sua casa 2 e 3, a Hydra Island viaja no tempo junto com a ilha principal, então certamente existe essa conexão.
Uma das teorias sobre a Ilha da Hidra em Lostpedia sugere que ambas as ilhas podem ser uma em algum lugar no tempo, mas foram separados por causa do nível de água ou outros acontecimentos. Parece muito semelhante à sua teoria sobre montanhas subaquáticas e é bastante provável, mas duvido que isso tenha sido confirmado por qualquer um da tripulação.