Sim, deveria ser.
Ou seja - se foi descongelado e armazenado de forma segura (refrigerado ou em temperatura segura de qualquer forma), então ainda deve ser seguro comer. Se tiver ficado de fora em um balcão, ou em condições inseguras por mais de algumas horas - então é tão perigoso quanto as condições o fizeram, e é sua decisão o que você arriscará. Mas em termos de segurança, enquanto estar congelado é seguro, não ser congelado não o torna automaticamente inseguro - não mais do que qualquer outro tipo de alimento que possa ser descongelado antes de cozinhar.
Você pode notar algumas mudanças na textura, e você terá que alterar seus tempos de cozimento, se você estiver cozinhando a partir de descongelados em vez de congelados. Seu tempo de cozimento será menor, porque a pizza não precisa chegar à temperatura. Você pode querer uma temperatura mais baixa e um método de cozimento mais lento, por isso é mais fácil manter a verificação quando estiver pronto (eu geralmente faço 350 e continuo verificando, enquanto alguns congelados pedem 400 e horários específicos). Pode ser fácil fazer um over-bake, já que as instruções estão esperando que a pizza esteja derretendo. Pode ser um pouco diferente - se foi planejado para ser assado na prateleira, mas agora deve ter uma assadeira embaixo, porque é flexível, ou talvez se foi auto-subindo, e passou um pouco dessa subida no descongelamento - mas eu esperaria que as mudanças fossem relativamente pequenas, ou diretamente relacionadas com a mudança no método de cozimento (crosta crocante / mais macia da assadeira ou queijo úmido / secador da mudança de temperatura e tempo).
Eu acredito que muitos fabricantes incluem instruções para não descongelar a pizza porque os resultados são mais consistentes se o processo for, é uma variável a menos para eles se preocuparem - e então descongelar a pizza significa que ela é mais uma para você se preocupa.
Se isso ajudar, eu fiz isso - descongelou e assou uma pizza congelada (ela foi descongelada para que pudesse ser dividida e assada por alguns dias, e assim era 'assada no forno' toda vez em vez de secada no reaquecimento) . Eu não tive nenhum problema em particular com isso, além de ter que mudar o método de cozimento para um adequado para uma pizza não congelada. Então, novamente, eu planejei fazer isso - então você pode ter mais problemas com uma pizza crescente ou se você é mais exigente sobre o resultado ser preciso ou previsível.