Não há diferença entre o dano recebido internamente ou externamente. Com a exceção de regras para habilidades como Swallow Whole, 3.5 não faz distinção entre danos obtidos de fontes internas e externas. O modelo de dano simplesmente não é complexo o suficiente para lidar com esse nível de granularidade.
O texto das regras de Proteção de (Energia) é bastante claro sobre este assunto:
Protection from energy grants temporary immunity to the type of energy you specify when you cast it (acid, cold, electricity, fire, or sonic). When the spell absorbs 12 points per caster level of energy damage (to a maximum of 120 points at 10th level), it is discharged.
Se a bomba causar dano de fogo, e o personagem receber dano de fogo, então ela ignorará o dano até que ela quebre a magia, independente de ser interna ou externa.
Você pode decidir, no entanto, que a bomba não é apenas fogo, pode também criar uma explosão concussiva. A maioria das bombas convencionais faz. Nesse caso, o personagem estaria imune ao dano de fogo, mas não aos outros tipos de dano.