Como você não precisará entrar no espaço Schengen durante suas escalas (você pode facilmente ficar dentro das zonas de trânsito internacional dos aeroportos de Munique e Frankfurt), você não teria uma premissa coerente para solicitar um visto Schengen, e tal um pedido provavelmente seria recusado.
Você deve solicitar um visto croata diretamente da Croácia.