Você está assumindo uma correlação nunca declarada entre as diferenças de tempo. Os exemplos não são um padrão fixo linear de 1 minuto = 1 semana. Um segundo pode ser um ano. Outro segundo pode ser uma década, outro apenas um minuto, etc.
Como você disse:
After the clockwork androids are stopped the Doctor is trapped in Versailles because all the time windows are broken. Then Reinette brings him to the fireplace and he returns to the ship. Rose tells him that 5 1/2 hours had passed on the ship. From the time the Doctor broke through the glass in the ball room and he returned to the ship via the fireplace, only few minutes had passed in Versailles timeline. But time moves slower in the ship timeline so only few seconds should have passed instead of 5 1/2 hours.
Você também disse:
Third time- couple of hours on the ship, years passed in France... Reinette is 23.
Primeiramente, o que fez você pensar que horas se passaram? Pareceu apenas alguns minutos. Este é outro exemplo de falta de continuidade "típica". O último exemplo em direção ao final do episódio foi menos de um minuto para o Doctor no navio e vinte anos em Versailles.
E, como mostra a primeira observação citada, o episódio já provou que sua suposição não é o caso. Seus exemplos das discrepâncias são prova disso.
Com que frequência o médico e / ou a TARDIS aparecem em um horário diferente do esperado? muito . Pode-se supor com segurança que isso acontece porque o tempo não é facilmente manipulado ou plotado. Além disso, a nave em que o Doutor e seus companheiros pousaram estava "gerando energia suficiente para abrir um buraco no Universo" produzindo um "hiperlink temporal espacial" (que ele inventou em vez de dizer "Porta Mágica"). Uma anomalia como essa não teria que ser restringida à nossa atual compreensão de tempo e espaço.
Por que ele disse "Sempre espere 5 horas e meia?" Parecia uma piada para mim. Ele estava apenas animado.
Como um pós-escrito, este também é um episódio que o Doutor aconselha "Você nunca quer ouvir a razão".