Duas razões: idade e velocidade.
Os turbofans de bypass alto só existem desde os anos 70 - o B-52 foi um dos primeiros aviões militares movidos a jato produzidos em massa e os turbofans simplesmente não estavam disponíveis na época. O mesmo para o U-2.
Muitas aeronaves de caça são supersônicas, e a propulsão do motor a jato T é definida como $ T = \ ponto {m} \ cdot (V_e - V_0) $, com $ V_0 $ a velocidade do ar. A velocidade de escape $ V_e $ deve ser maior que a verdadeira velocidade do ar para gerar empuxo, e os turbojatos têm uma velocidade de fluxo de escape muito maior do que a corrente fria do turbofan.
Turbocompressores puros são barulhentos e sedentos, e caças modernos usam motores a jato de baixo desvio com fluxos de escape mistos, como o descrito acima. Essa configuração ainda permite o uso de pós-combustores: impulso de decolagem é onde turbofans de bypass alto são particularmente strongs.