O que você está descrevendo acontece. A mudança de pista é um evento importante em um grande aeroporto e geralmente ocorre uma vez por dia. Isso se torna uma transição importante, porque as aeronaves de pouso precisam ser trocadas para a outra extremidade. E, áreas atendidas por um único controle de aproximação, a mudança deve ser coordenada com os demais aeroportos. Note que linhas de aeronaves esperando para decolar raramente ocorrem a menos que o aeroporto esteja muito ocupado e tenha poucas pistas.
Assim, a mudança da pista geralmente ocorre ao longo do tempo (meia hora).
Se houver uma mudança repentina e imprevista do vento, geralmente, as aeronaves que já estiverem na extremidade "errada" da pista poderão continuar a usá-la se puderem fazê-lo.
Então, sim, as aeronaves terão de se deslocar para a outra extremidade da pista.
Eu tenho visto isso com mais frequência em aeroportos de aviação geral ocupados do que em aeroportos comerciais.