O principal problema que vejo é a umidade - a farinha de bancada pode ser irregular, ter pedaços de massa e ficar parcialmente úmida. Por isso, não o coloco de volta na embalagem principal de farinha.
Se você usá-lo como farinha, pode deixar pedaços secos, por isso depende da sua técnica se vai funcionar ou não.
Mas há técnicas de panificação que usam restos de massa ou até mesmo terra seca e pão encharcado em pães novos - é onde eu colocaria.
Pode entrar em pré-fermentos (mesmo sem fermento ou fermento), melhorando o desenvolvimento do glúten e a textura da massa. A menos que esteja absolutamente seco, recomendo armazená-lo no freezer até o próximo dia de cozimento.
Além disso: a menos que você esteja trabalhando ativamente a farinha de bancada em sua massa (vs. usando apenas um pouco para evitar grudar), você já pensou em usar uma farinha "mais barata"?