Como explicado em Eu precisa de um visto para transitar (ou escala) no espaço Schengen? Os cidadãos egípcios não precisam de um visto de trânsito aeroportuário em qualquer lugar do espaço Schengen, exceto na República Checa. Portanto, se a sua rota permitir trânsito estéril, você não precisará de visto.
Não encontrei nenhuma informação definitiva sobre Atenas, mas o aeroporto não fecha à noite, portanto, o trânsito noturno deve ser possível. Embora eu não seja capaz de citar qualquer regra explícita, acho que 24 horas geralmente é o limite, mesmo que seja porque muitas vezes é necessário coletar sua bagagem para um trânsito mais longo, o que também implica deixar o saguão de trânsito do aeroporto.
Se você precisar sair do aeroporto por qualquer motivo, precisará de um visto.