O que aconteceu com os processadores de água no Oblivion?

O script é explícito no problema. Os "processadores de água" que você descreveu são referidos por um nome diferente:

Muito antes

Jack shifts the Bubbleship, in the distance a series of RESOURCE-GATHERERS on the horizon. Essentially titanic vacuums, sucking up the oceans.

Após a explosão, houve uma sequência não filmada:

EXT. VARIOUS LANDSCAPES - CONTINUOUS :

DRONES fall from the sky, powerless... A RESOURCE GATHERER YAWS, losing power, and falls ponderously into what remains of the sea...

Eu acredito que quando a pirâmide do Tet foi bombardeada, todos os processadores de água, como todos os drones, simplesmente desligaram e caíram onde quer que estivessem.