Acho que o principal motivo é fazer com que você use os serviços deles com mais frequência. Na maioria das vezes, o preço da WizzAir e de outra operadora não é tão grande, portanto, se você tiver o Clube do Desconto, é mais provável que você compre novos ingressos com eles.
Como eu vejo, eles ganham mais dinheiro com a venda de recursos adicionais, como embarque prioritário ou bagagem. Se você descontar o bilhete, provavelmente escolherá o WizzAir e provavelmente comprará algo extra.